
La diversité paysagère de la Margeride est à l’origine d’une faune et d’une flore riches et variées.
Les falaises abruptes et impénétrables, dominées par les landes à genêts purgatifs et genêts à balais offrent des zones propices de nidification aux rapaces diurnes et nocturnes. Dix-neuf espèces d’oiseaux composent cette avifaune exceptionnelle dont le circaète Jean-le-Blanc, rapace emblématique des gorges qui se nourrit presque exclusivement de reptiles d’où son nom d’aigle mangeur de serpents. Les falaises abritent faucons pèlerins et hibou Grand Duc. En contrebas du rocher d’Escluzel à Monistrol d’Allier, la présence de catiches indique l’établissement d’un mammifère très particulier la loutre. Mais, les gorges de l’Allier sont avant tout le berceau du saumon atlantique dont les frayères ponctuent le cours de la rivière.
Le couvert forestier margeridien se compose de différentes entités complémentaires. Ainsi, se sont les hêtraies à Luzules propices au développement des champignons et des myrtilles, qui dominent au sud. Le nord du massif est quant à lui conquis par les hêtraies-sapinières, parfois supplantées par des plantations de résineux avec épicéas et des pins sylvestres. Ces forêts au caractère encore sauvage abritent de nombreux cerfs, que l’on entend bramer en période de rut entre la mi-septembre et la mi-octobre. Les hêtraies-sapinières abritent également un rapace de petite taille la chouette de Tengmalm. Cet oiseau cavernicole utilise les cavités abandonnées du pic noir pour élever sa nichée.
Leur répartition dépend de l’altitude, de l’exposition, de la nature des sols et de l’usage qui en est fait. La pratique principale de l’élevage extensif du mouton sur le Pays de Saugues explique la présence de pelouses pauvres sur les hauteurs des massifs, utilisées pour alimenter le bétail. En parallèle, on est également en présence d’une flore riche et variée avec notamment l’arnica, les pensées sauvages ou le fenouil des Alpes. Les landes d’altitude sont essentiellement composées de callune ou fausse-bruyère associées aux genêts d’Angleterre et aux genêts poilus. Plus bas, et dans les milieux plus secs, le genêt purgatif abonde. Les terrains plus humides accueillent l’airelle myrtille ou l’airelle rouge au goût si particulier. Les prairies sont le domaine de prédilection du narcisse dont les fleurs sont cueillies pour la fabrication de parfum.
Les ruisseaux sillonnant ces différents espaces attirent sur leurs berges cincles plongeurs et bergeronnettes des ruisseaux. L’Ance du sud, la Besque et la Seuge hébergent des écrevisses autochtones à pattes blanches ; quant à la Virlange, elle abrite la moule perlière, espèce sédentaire dont la coquille allongée est de couleur brune avec une nacre blanche ou teintée de rose. La présence de perle est assez rare, environ une pour mille.
Elles sont composées de sphaignes, mousse en forme d’étoiles dont les bases noyées dans l’eau s’accumulent sans décomposition en raison du froid et de l’acidité. Il en résulte une matière organique riche qui après drainage et extraction constitue la tourbe, qui fut longtemps utilisée comme combustible. Les tourbières inexploitées ont conservé des végétaux remarquables et rares, hérités des dernières périodes glaciaires comme le bouleau nain. Ce petit arbuste fait à lui seul tout l’intérêt des tourbières de la Margeride car il est principalement répandu dans les tourbières du nord de l’Europe. Petite plante carnivore, la drosera se développe également sur les tourbières où elle se nourrit de petits insectes pour pallier à la pauvreté du sol.
Depuis les années 1950, certains végétaux sont ramassés en Margeride pour être utilisés par les parfumeurs français. Ceux-ci s’intéressent plus particulièrement au lichen et au narcisse, cette dernière étant utilisée dans l’élaboration de parfums de renom. Il existe deux variétés de lichens très appréciées des parfumeurs : la "mousse d’arbre" récoltée exclusivement sur les troncs des pins sylvestres et la "mousse de chêne". Le ramasseur doit, à l’aide de simples gants, gratter les troncs et les branches, afin de récupérer le maximum de lichen. La cueillette, qui a lieu au cours de l’hiver, reste marginale en raison de ces conditions de travail. En revanche, la récolte des narcisses au printemps fait l’objet de toutes les attentions de la part des cueilleurs, des collecteurs et des transformateurs. En effet, le narcisse utilisé pour la fabrication de grands parfums doit être traité rapidement afin d’éviter l’évaporation de son odeur. Ces dernières années, la cueillette du narcisse comme celle du lichen a régressé du fait de l’utilisation de produits de synthèse dans l’élaboration des parfums.